Ce Museum a été créé en 2001, dans le cadre d’un projet de recherches sur la biodiversité de la réserve naturelle de Horsh Ehden, projet subventionné par l’ambassade de Grande-Bretagne. Initialement prévu d’être un Museum-observatoire d’entomologie, il a connu une extension en 2004 sur l’initiative de la Direction de la Faculté des Sciences II et intègre à présent les sciences de la terre et l’herpétologie.