UNIVERSITE 4B D'HIVER 2003

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UNIVERSITE LIBANAISE - FACULTE DES SCIENCES
UNIVERSITE 4B D'HIVER 2003
WORHSHOPS
Bioinformatique & Modélisation moléculaire
Du 2 au 5 décembre 2003
Introduction


Dans le cadre de la continuité du cycle des universités 4 B et à la demande des enseignants participants, une 3ème université 4B de bioinformatique et de modélisation moléculaire (théorique et pratique) a été prévue.

Cette université d'hiver est justifiée non seulement par l'intérêt pédagogique mais aussi par l'ouverture à des cours nouveaux qui pourront contribuer à l'actualisation de l'enseignement.

Deux intervenants français de l'université de Bordeaux 2 ont été contactés aux conseils du Professeur Aigles (intervenant français durant l'université d'été qui s'est déroulée du 26 mai au 3 juin 2003).

Suite à leur accord, cette manifestation scientifique a été fixée du 2 au 5 décembre 2003.

En collaboration avec ces intervenants, le programme préliminaire de ce workshop a été mis en place. En effet, il porte sur les thèmes suivants:



Thème 1: Bioinformatique (Dr Pascal DURRENS)

Programme des cours

  • Les bases de données de séquence
    • Bases de données généralistes
    • Outils d'interrogation


  • Comparaison des sequences 2 à 2
    • Introduction
    • Programmation dynamique
    • Matrices de distribution
    • BLAST
    • FASTA


  • Alignements multiples
    • Généralités
    • PSI- BLAST
    • CLUSTAL


  • Recherche de motifs
    • Généralités
    • Bases de données de motifs
    • Recherche de motifs frequents


  • Phylogénie
    • Calcul de distance
    • Estimation statistique.




Programmes des ateliers

  • Comparaison de séquences 2 à 2: utilisation du BLAST
  • Recherche d'homologues éloignés: utilisation de PSI- BLAST
  • Alignements multiples: utilisation de CLUSTAL
  • Recherche de motifs fréquents: utilisation de MEME
  • Phylogénie: utilisation de MEGA



Thème 2: Modélisation 3D des protéines (Dr Alain DAUTANT)

Programme des cours

  • La structure des protéines:
    • Structures secondaires (hélices, brin, coudes)
    • Repliement (fagot d'hélices, feuillet parallèle/anti- parallèle)
    • Motifs et domaines structuraux (épingle à cheveux, clé grecque?)
    • Protéines


  • Les principales bases de données structurales:
    • Protein Data Bank (PDB)- Le format PDB
    • PDBSum (Summaries and structural analyses of PDB data files)
    • Structural Classification of Proteins (SCOP)
    • Class, Architecture, Topology and Homology (CATCH)


  • La représentation et la visualisation des structures de protéines:
    • Modes de représentation
    • Logiciels de visualisation


  • Prédiction des structures secondaires d'une protéine:
    • Méthodes statistiques (Chou & Fasman, GOR)
    • Méthodes utilisant la similarité (plus proches voisins, SOPM, SOPMA)
    • Réseaux neuronaux (PHD)


  • Prédiction du mode de repliement

  • Prédiction de la structure 3 D d'une protéine:
    • Modélisation comparative
    • Modélisation par analogie
    • Threading method
    • ab- initio



Programmes des ateliers

  • Base de données
    • Accès et interrogation de la PDB, PDB Sum, CATCH, SCOP
    • Transfert et Edition des fichiers de coordonnées


  • Visualisation des structures de protéines:
    • Installation sur PC (Microsoft Windows) et utilisation des logiciels Rasmol et Swiss- Pdb Viewer, etc…
    • Les ressources sur Internet


  • Prédiction des structures secondaires d'une protéine:
    • Prédire les éléments de structures secondaires d'une protéine de séquence donnée et de structure 3D connue. Comparer à posteriori les prédictions obtenues et la structure 3D obtenue sur monocristaux par diffraction des rayons X ou en solution par RMN.


  • Prédiction de repliement d'une protéine:
    • Quel est le type de repliement d'une protéine de séquence donnée et de structure 3D connue. (PSI- BLAST; Alignement multiple). Comparer les prédictions à la structure cristalline.


  • Prédiction de la structure tertiaire d'une protéine:
    • Prédire la structure 3 D d'une protéine de séquence donnée et de structure 3 D inconnue, mais possédant un ou plusieurs homologues de structure 3 D connue. Construction des boucles.
    • Prédire la structure 3 D d'une protéine de séquence donnée et de structure 3D inconnue, ne possédant pas d'homologue de structure 3D connue.
    • Validation des modèles 3D.



Noms et adresses des intervenants français

Docteur Alain DAUTANT
IBGC UMR 5095 CNRS
1, rue Camille Saint- Saëns
33077 Bordeaux cedex France
Tel. (33) 05 56 99 90 44
Fax. (33) 05 56 99 90 51
Email. A.Dautant@ibgc.u-bordeaux2.fr
http://www.ibgc.u-Bordeaux2.fr



Docteur Pascal DURRENS
cBiB- Centre de Bioinformatique de Bordeaux
Université de Bordeaux 2- Victor Segalen
146, rue Léo Saignat
F- 33076 Bordeaux cedex- France
Tel: (0) 5 57 57 46 46
Fax: (0) 5 57 57 16 84
Email. Pascal.Durrens@pmtg.u-bordeaux2.fr



Inscription

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